Ο Μακαριώτατος Αρχιεπίσκοπος Αθηνών και πάσης Ελλάδος κ. Ιερώνυμος έκανε την ακόλουθη δήλωση για την υπόθεση της «Κιβωτού του Κόσμου»:
«Διέταξα χθες το απόγευμα τη διενέργεια κανονικών ανακρίσεων, κατόπιν επώνυμων καταγγελιών ενώπιον των αρμόδιων αρχών, σε βάρος του κληρικού της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Αθηνών π. Αντωνίου Παπανικολάου, στον οποίο και επέβαλα, με απόφασή μου, την απαγόρευση ιεροπραξιών μέχρι την εκδίκαση της υπόθεσης.
Η Ιερά Αρχιεπισκοπή Αθηνών ουδεμία σχέση είχε ή έχει με την Μ.Κ.Ο. «Κιβωτό του Κόσμου», η οποία και δεν υπάγεται σε αυτήν. Μόνος αρμόδιος για την διοίκηση, την διαχείριση και την όλη λειτουργία της είναι ο ως άνω κληρικός, ο οποίος ουδέποτε άλλωστε δέχθηκε να θέσει τις δομές της Μ.Κ.Ο. υπό την εποπτεία της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Αθηνών ή να συνεργαστεί με τα επιτελικά στελέχη αυτής στους τομείς της κοινωνικής πρόνοιας και αλληλεγγύης με οιονδήποτε τρόπο.
Τόσο εμείς στην Εκκλησία, όσο και ολόκληρη η ελληνική κοινωνία είμαστε σοκαρισμένοι στον υπέρτατο βαθμό. Σε κάθε περίπτωση όμως, η Εκκλησία ούτε πρόκειται να ανεχθεί, πολλώ δε μάλλον να συγκαλύψει, επαίσχυντες και ειδεχθείς συμπεριφορές και πράξεις, που λερώνουν το ιερό ράσο. Το ιερό ράσο, το ποτισμένο με αίμα Αγίων και Ηρώων, δεν είναι δυνατόν να το φέρουν και να το φορούν όσοι το χρησιμοποιούν ανερυθρίαστα και πρόστυχα, χωρίς φόβο Θεού και ανθρώπων, για να καλύπτουν τις ανομίες τους και για να διαπράττουν εγκλήματα που στιγματίζουν ανεξίτηλα και για πάντα τις ζωές και τις ψυχές αθώων παιδιών.
Οι λέξεις αγάπη, στοργή και φροντίδα ούτε νοητικά πυροτεχνήματα μπορούν να είναι, ούτε επικοινωνιακά εργαλεία για την χειραγώγηση ανθρώπων, και δη ανηλίκων, και για την ικανοποίηση των πάσης φύσεως διαστροφών, που γεννούν νοσηροί και σάπιοι εγκέφαλοι. Στο όνομα της προστασίας των παιδιών, δεν μπορεί να λαμβάνει χώρα η σταύρωσή τους και μάλιστα από «κληρικούς» που τα εκμεταλλεύονται και τα κακοποιούν παντοιοτρόπως έχοντας, κατά τα λοιπά, πείσει και το πανελλήνιο για τις «αγνές» τους προθέσεις. Κάτι τέτοιο δεν το χωρά ειλικρινά ο ανθρώπινος νους…
Ως Εκκλησία, είμαστε στη διάθεση των αρχών, προκειμένου να συμβάλουμε, με κάθε τρόπο, στην πλήρη διαλεύκανση αυτής της εφιαλτικής υπόθεσης. Εφόσον αποδειχθεί η αλήθεια των κατηγοριών που αποδίδονται στον συγκεκριμένο κληρικό, η Εκκλησία και εγώ προσωπικά θα αποδώσουμε στον απόλυτο βαθμό την επίγεια εκκλησιαστική δικαιοσύνη.»
