Το έργο της αντιπλημμυρικής προστασίας προβλέπει την κατασκευή εκτεταμένου δικτύου με αποστραγγιστικές τάφρους περιμετρικά όλων των στεγασμένων χώρων, για την απομάκρυνση των ομβρίων από τα στέγαστρα.
Στο πλαίσιο του προγράμματος του Υπουργείου Πολιτισμού για την υλοποίηση έργων πρόληψης και αντιμετώπισης των φαινομένων της κλιματικής αλλαγής, σε μείζονες αρχαιολογικούς χώρους, δρομολογήθηκαν τα έργα αντιπλημμυρικής θωράκισης, προϋπολογισμού περίπου 3.500.000 ευρώ, στον αρχαιολογικό χώρο του Μινωικού Ανακτόρου των Μαλίων.
Έχει ολοκληρωθεί το σύνολο των αναγκαίων μελετών –γεωτεχνική, γεωλογική, υδρολογική μελέτη, υδραυλική, ειδική αρχιτεκτονική και στατική- και το έργο βρίσκεται σε φάση δημοπράτησης.
Τα προβλήματα που εντοπίζονται
Τα προβλήματα που εντοπίζονται στον αρχαιολογικό χώρο, όσον αφορά στην αντιπλημμυρική προστασία του, εντοπίζονται στην παροχέτευση υδάτων της γύρω περιοχής, δια μέσω του αρχαιολογικού χώρου, στην έλλειψη οργανωμένου συστήματος αποστράγγισης, στη δυσχερή απορροή των ομβρίων από τα στέγαστρα, αφού οι υδρορροές δεν λειτουργούν σωστά και τα λιμνάζοντα ύδατα θέτουν ζήτημα στατικής επάρκειας των στεγάστρων.
Η ειδική αρχιτεκτονική μελέτη είχε ως αντικείμενο τη διευθέτηση των ομβρίων και τα συνοδά έργα στα υφιστάμενα στέγαστρα και στον περιβάλλοντα χώρο. Παράλληλα, ο σχεδιασμός της απορροής ομβρίων εναρμονίζεται με το συνολικό σχεδιασμό της πορείας των επισκεπτών στον χώρο.
Οι διαδρομές των επισκεπτών συνδυάζονται με την κατασκευή χώρων ανάπαυσης με καθιστικά και πινακίδες ενημέρωσης. Συγχρόνως εξασφαλίζεται η πρόσβαση των ΑμεΑ με την κατασκευή ράμπας.
Οι ανασκαφές στο μινωικό ανάκτορο στα Μάλια ξεκίνησαν το 1915 από την Εφορεία Κρήτης
Το 1921 ξεκίνησε η συνεργασία με τη Γαλλική Αρχαιολογική Σχολή, η οποία ανασκάπτει το κτηριακό συγκρότημα του Χρυσόλακκου.
Στον χώρο έχει βρεθεί κεραμική από την 3η χιλιετία π.Χ., αλλά η συστηματική κατοίκηση της περιοχής χρονολογείται μεταξύ 2450-2200 π.Χ.
Περί το 1700 π.Χ., το ανάκτορο των Μαλίων καταστράφηκε από ισχυρό σεισμό και επακόλουθη πυρκαγιά. Μετά την καταστροφή έγιναν προσπάθειες ανακατασκευής του στην αρχή της Νεοανακτορικής περιόδου (1700-1430 π.Χ.). Όμως το 1530 π.Χ. το ανάκτορο καταστράφηκε ξανά, πιθανώς από το σεισμό.
