Η μελέτη για την ανέγερση του Μουσείου, προκειμένου να στεγάσει τον σημαντικότατο αρχαιολογικό πλούτο της πόλης του Ρεθύμνου και της ευρύτερης περιοχής, προϋπολογισμού 2.922.256,15 €, ήδη εκπονείται στο πλαίσιο Προγραμματικής Σύμβασης Πολιτισμικής Ανάπτυξης, που έχει υπογραφεί μεταξύ του Υπουργείου Πολιτισμού, της Περιφέρειας Κρήτης και του Δήμου Ρεθύμνης.
Ήδη, η πρώτη φάση της της μουσειολογικής μελέτης του Νέου Αρχαιολογικού Μουσείου στο Ρέθυμνο έτυχε της θετικής γνωμοδότησης του Συμβουλίου Μουσείων, του Υπουργείου Πολιτισμού.
Όπως δήλωσε η Υπουργός Πολιτισμού Λίνα Μενδώνη, «Η ίδρυση και λειτουργία του Νέου Αρχαιολογικού Μουσείου, αποτελεί το διαχρονικό αίτημα της τοπικής κοινωνίας, αλλά και της Εφορείας Αρχαιοτήτων Ρεθύμνου. Το Ρέθυμνο είναι η μόνη πρωτεύουσα των Περιφερειακών Ενοτήτων της Κρήτης, που δεν έχει ένα σύγχρονο Αρχαιολογικό Μουσείο. Στόχος μας είναι να προβληθεί ο μεγάλος και σημαντικός αρχαιολογικός πλούτος της Περιφερειακής Ενότητας Ρεθύμνου, που θα συνδέσει, στην πραγματική τους διάσταση, το παρελθόν με το μέλλον του τόπου. Το νέο Μουσείο, λόγω και της χωροθέτησής του σε προνομιακό σημείο της πόλης, θα αναβαθμίσει τον αστικό ιστό του Ρεθύμνου, ενώ συγχρόνως θα αποτελέσει κιβωτό γνώσης και παιδείας, αλλά και αναπτυξιακό εργαλείο για την πόλη και την
ευρύτερη περιοχή. Με την έγκριση και της πρώτης φάσης της μουσειολογικής μελέτης, παράλληλα με την εκπόνηση των αναγκαίων μελετών για την κατασκευή του κτηρίου, προχωρούν οι διαδικασίες για την προώθηση του έργου της ανέγερσης του νέου Μουσείου. Η προσωρινή έκθεση στον Άγιο Φραγκίσκο είναι λύση ανάγκης, όταν διεκόπη η λειτουργία του παλιού Μουσείου της πόλης. Ευχαριστώ τον Περιφερειάρχη Κρήτης Σταύρο Αρναουτάκη και τον Δήμαρχο Ρεθύμνου Γιώργο Μαρινάκη για την εξαιρετική συνεργασία. Μοιραζόμαστε το ίδιο όραμα: Να αποκτήσει το Ρέθυμνο ένα μουσείο αντάξιο της ιστορίας του».
Το Νέο Αρχαιολογικό Μουσείο Ρεθύμνου πρόκειται να αναγερθεί σε έκταση εμβαδού 5.912,14 τ.μ., σε κομβικό σημείο, στο δυτικό παράλιο τμήμα της πόλης του Ρεθύμνου, τμήμα του δημοσίου κτήματος «Στρατόπεδο Κουνδουράκη». Το οικόπεδο παραχώρησε, το 2010, ο Δήμος Ρεθύμνης στο Υπουργείο Πολιτισμού. Το κτηριολογικό πρόγραμμα και η προκαταρκτική μουσειολογική μελέτη είχαν ήδη
εγκριθεί με σχετικές αποφάσεις, το 2011 και το 2013, αντίστοιχα.
Το 2017 ολοκληρώθηκε η τροποποίηση του ρυμοτομικού σχεδίου του Δήμου, στο οποίο καθορίζονται ο χώρος ανέγερσης του Μουσείου, καθώς και οι όροι και οι περιορισμοί δόμησης στην περιοχή. Στα τέλη του 2021 εντάχθηκε η χρηματοδότηση της μελέτης του Νέου Αρχαιολογικού Μουσείου Ρεθύμνου στο Περιφερειακό Επιχειρησιακό Πρόγραμμα «Κρήτη 2014-2020» και διενεργήθηκε διεθνής διαγωνισμός για την εκπόνηση αρχιτεκτονικής μελέτης.
Βάσει του κτηριολογικού προγράμματος, οι χώροι στο Νέο Αρχαιολογικό Μουσείο κατανέμονται σε εκθεσιακούς χώρους 1.300 τ.μ., χώρους εκπαίδευσης και αμφιθέατρο, 180 τ.μ. συνολικά, εργαστήρια συντήρησης 410 τ.μ., αποθήκες εμβαδού 1.500 τ.μ., γραφεία διοίκησης, χώρους τεχνικών εγκαταστάσεων, χώρους εξυπηρέτησης κοινού. Το συνολικό εμβαδόν του Μουσείου ανέρχεται σε 4.200 τ.μ.
Η παρούσα φάση της μουσειολογικής μελέτης περιλαμβάνει την οργάνωση της μόνιμης έκθεσης σε επτά εκθεσιακές «περιοχές – κυψέλες» με ενδεικτικό κατάλογο εκθεμάτων:
Περιοχή Α – Το Χρονικό μιας Πολιτείας ή αλλιώς Η Πόλη ως Πολιτιστικό Αγαθό
Περιοχή Β – Ο Τόπος ως Πολιτιστικό Τοπίο (Ματιές στον Χώρο και τον Χρόνο)
Περιοχή Γ – Ο άνθρωπος δημιουργεί
Περιοχή Δ – Ο άνθρωπος αναζητά την πνευματικότητα
Περιοχή Ε – Το παρελθόν ως gaming και επικοινωνία
Περιοχή ΣΤ – Το παρελθόν ως απόθεμα
Περιοχή Ζ – Ιστορίες σε ροή
Σχετικά με την ερμηνευτική πλαισίωση των εκθεμάτων, η πρόταση για την έκθεση του Μουσείου περιλαμβάνει, εκτός από οπτικά μέσα και προπλάσματα, σειρά ψηφιακών μέσων που αναδεικνύουν τη σημασία του παλίμψηστου της πόλης, ως μνημειακού συνόλου.
